El fondo marino del Área Marina Protegida de Baia es de naturaleza arenosa y tiene una pendiente muy ligera. La única zona rocosa, aunque limitada, es la de Punta Epitaffio (Zona A): un pequeño promontorio de toba que separa la costa de Lucrino del puerto de Baia. Generalmente las costas arenosas no presentan un alto interés naturalista pero aquí, contrariamente a todas las expectativas, las excursiones submarinas reservan grandes emociones. El paisaje sumergido está, de hecho, totalmente condicionado por la presencia de numerosos artefactos romanos dispersos a varias profundidades y que constituyen todo el sustrato sólido sobre el que viven numerosos organismos animales y vegetales.
Una primera visita fascinante, al alcance de cualquiera que sepa nadar con máscara y aletas, es la de Portus lulius (Zona B), donde, descendiendo al agua desde la boya de amarre, se pueden observar las ruinas de la antigua Puerto romano con sus tiendas y villas adornadas de numerosos restos de pisos de cocciopesto, columnas, mosaicos, fragmentos de mármol, paredes de habitaciones en opus reticulatum y latericium. Estas estructuras emergen de un lecho detrítico arenoso colonizado, en ocasiones, por pequeñas praderas de Cymodocea nodosa, y por raras manchas de Posidonia oceanica. Una enorme variedad de organismos encuentra alimento y cobijo entre las numerosas grietas de las paredes sumergidas, a menudo irreconocibles por las exuberantes algas que las cubren, y entre los sedimentos y frondas de fanerógamas marinas.
Reservada a los buceadores, sin embargo, está la excursión por la llamada "Secca Fumosa" (zona C), a poco más de 750 metros de la costa, formada por un conjunto de 28 pilares (pilae) de opus reticulatum y latericium a base de cuadrados, dispuestas en doble fila con una tendencia casi paralela a la costa. Estos imponentes pilares están separados unos metros de otros y descansan sobre un lecho detrítico a una profundidad media de unos 10 metros, que desde el lado exterior, en el lado sur, desciende con un pequeño escarpe derrumbado hasta los 13 metros. Es sin duda una de las excursiones de buceo más interesantes y variadas de la zona, ya que presenta un gran interés biológico y naturalista además de, por supuesto, arqueológico. De hecho, en la base de este escarpe cubierto de restos de artefactos (que ofrecen cobijo a numerosas especies de peces), del fondo arenoso emergen en varios puntos numerosos afloramientos de agua caliente y exhalaciones gaseosas y se observan evidentes depósitos amarillos de azufre. . Estas manifestaciones volcánicas, observables en varios puntos de este sitio, afectan las comunidades de organismos presentes sólo de manera puntual, provocando una disminución drástica y evidente en el número de especies observables. Observando más de cerca es posible notar que la parte superior, situada entre 3 y 5 metros, al estar bien expuesta a la luz, está ricamente cubierta por varias especies de algas, principalmente algas pardas o feóficas. Las paredes laterales verticales, en cambio, al estar escasamente iluminadas, están cubiertas por una típica población coralígena, constituida por organismos predominantemente animales, con colores muy vivos, que suelen asentarse a mayor profundidad. Girando alrededor de cualquier pilar es fácil darse cuenta de que la orientación de los distintos lados, determinando diferentes exposiciones a la luz y las corrientes, influye directamente en la composición de las poblaciones, que se expresa con diferentes dominancias cromáticas para cada lado.
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